يشرف على عمل مركز شرق أفريقيا للتحول التعليمي والاقتصادي (معهد نيكون) في مجالاته المختلفة مجلس إدارة مكون من أكاديميين بارزين يجمعون بين التخصص العلمي والخبرة، ويناقش مجلس الإدارة في كل دورة من دوراته الخطة العامة للمركز وميزانيته السنوية وتقاريره في كافة المجالات ويقرها، ويحدد نقاط الضعف التي يجب التغلب عليها وسبل تطوير فعالية المركز بشكل مستمر بما يتماشى مع تحقيق رؤيته وأهدافه.