ينظم المركز مؤتمرات ومحاضرات وندوات علمية بشكلٍ منتظم، ويشرف عليها مختصون في المجالات المعنية. وتتضمن لائحة الفعاليات الدورية للمركز مؤتمرات  دورية رئيسة، هي: المؤتمر السنوي لوحدة الدراسات الاستراتيجية التحويلية والتكاملية في الاقتصاد والتعليم لشرق أفريقيا، ومنتدى دراسات دول شرق أفريقيا وتحولها الاقتصادي والتعليميي، والمنتدى السنوي للصومال وتحولها الاستراتيجي الاقتصادي والتعليمي، إضافة إلى مؤتمرين مخصصين للباحثين في مرحلة الدكتوراه وما بعد الدكتوراه، فيما يخص الاقتصاد التحويلي والتكاملي وكذلك التعليم. وتتضمن اللائحة أيضًا مؤتمرات وندوات ومحاضرات وورشات عمل غير دورية متعددة الموضوعات.